时，总督府下设水师、步兵总兵各一人，分管水师、步兵，名列正四品
虽然皇帝说是要放权，但文官的天性，让们不得不考虑制衡，所以又设一按察使，署理司法、吏治事务
按察使从二品
其中，水师名为吕宋水师，从东海南海水师各抽调一部分人，组成三千人规模的水师
而步兵则是三千人驻守吕宋
「如此章程，吕宋总督衙门需要官三十
八人，吏一百五十人」
吕大器颇为满意道：「如此一来，待两三年之后，统治稳固了，即可设为巡抚衙门，一如行省故」
众人也都满意
吕宋的级别高，也就意味着蛋糕大，能够安置不少的人
像是吕宋总督正二品，一回来，立马就能担任九部尚书，是非常不错的梯子
经过几年的调整，朝廷的九部正式成形
六部中，兵部、吏部、工部、礼部、户部、刑部名称不变，加上藩部、民部、财部
其中，组织部诞生几年后，省试正式纳入礼部，吏员们也有了品级，所以组织部又重新并入了吏部，其职权恢复，无愧于第一部
礼部的外交属性全部剔除，专职司掌科举、教化、礼仪，外交属性全部交给了理藩院
而理藩院也改名为藩部，专门掌管内藩、外藩，以及国外交
民部不用说，脱胎于户部，掌管户籍、土地、人口、矿产等事宜；财部则专门负责收税、预算事宜
之后的户部，只是专门负责管理暴仓库，储存钱粮、记账度支等杂事
在中央，内阁总领，九部执行，给事中进行核对
而在地方上，省一级，布政使、按察使、总兵，分掌行政、刑名、兵马，而以巡抚总掌
府一级，则是知府总领，府同知掌行政、通判掌刑狱
县一级，知县总领，县丞协助知县管理县政，主簿管全县粮税、户籍，另外还增加了县通判，负责诉讼刑狱等事宜
另外还有巡防营负责镇压地方
在乡下，乡三老，乡长、乡老、乡警，分别负责民政、教化诉讼、警备，各行其是
可以说，到了绍武十年，整个朝廷已经理顺，上通下达，虽说达不到如臂挥使的地步，但也是政通人和
最大的改变，莫过于将所之前的胥吏，全部入了品级，从而导致官员数量大增，支出也增长的迅猛
毕竟之前的胥吏，可是不下发俸禄的
官员总数，文武达到了两万人，其中京官有三千多人，而在地方官则在一万六千人左右
而吏员，即夸张到十万左右
也幸亏这些吏都是从九品，年入十块、十石粮，一个知县抵得上四五十个
而每一县，吃朝廷俸禄的官吏，约有两百来人：
官为知县、丞、尉、主簿、典史、巡检、司狱、课税、教谕、训导
吏为捕快、马快、禁卒、库守、民壮、长班、茶房、听差、把卫、更夫、打扫夫、轿夫
增加最