年，养父又将王位传给了他，得号为“莲花王”。有一天，密宗二祖、报身佛金刚萨埵在五色虹光中现身，告诉他说：“尔是教主，实非政王。”所以，莲花生即位后不久，便弃位离家出走，寻师访道；他还曾到南方洞中修行，还亲自受到金刚萨埵的灌顶，因为他降临人间的使命不同，所以很快就不喜欢处理政务，却喜欢静坐思维人生深奥的真理。
正是因为这些因缘，而令莲花国王即位后不久，就想弃位出家，但老国王肯定不同意的，好不容易得了个儿子，而且王位又有继承人了，怎么能让儿子离开自己呢？从此，老国王便令侍从日夜守着新国王，希望能留住莲花生。而佛陀的过去生，就如幻象一样常显现在他面前，莲花国王也感到与释迦佛陀无二无别，似乎是佛陀的相继，所以下定决心一定要去寻师访道，将来好度化众生。在禅定中，他观察到有一段缘起，可以促成他弃位去修行。
莲花生大师还是太子时，大师就常常去找寻和查访佛陀留下的殊胜圣地，来启发和坚固无上的菩提心。他看到佛陀留下的这些，渐渐坚定了决心，决定求取佛法的心。经过寒林（放尸体的树林）修行；在光明国跟随一位名叫色珠的释迦族仙人学天文、地理、历算等学问；又追随八十岁的毗沙巧匠，向他学习一切工巧有关的知识；备重礼拜耆婆弗多罗为师学习医学，学会了医方明相关的所有知识；又向阿札亚，学习了各种语言、音律、声韵等知识。
之后又走上了参学求法的路，经过阿难尊剃度，赐名为释迦狮子。至此，莲花生大师成为了一名具戒的比丘。莲花生在光明山，随学大成就者极喜金刚，各种经卷共九种，总计二万一千部，总持修学了一切秘密法乘。就这样，伟大的秘密持明王莲花生大师，在尊者极喜金刚的教诲下，将大圆满教法具足受持了，并获得了殊胜成就。又经过诸本尊的灌顶，实为不易终得圆满。