小旗、总旗、百户、千户、都指挥使卫所兵平时耕耘军屯，战时由朝廷派遣高级军官，在卫所各级官员组织下，集中起来出兵作战按照老朱的构想便是，一方面是吾养兵百万，不费百姓一粒粮，可以大大节约经费另一方面则是防止武将长期镇守一方，从而形成藩镇
但是大明朝运转了两百多年，卫所制度其实已经濒临崩溃先不说卫所的官员纷纷由中下级军官退化为地主老财，也不说卫所兵要么逃亡要么沦为佃农单是外敌入侵，朝廷才临时派遣高级将领这一条就在北方边境不适用
所以到了宣德年间，面对恢复了元气的蒙古，明朝政府就不得不在陕西、山西设置常任总兵——这是明朝军镇制度的发端
到了嘉靖年间，倭寇肆虐东南沿海，几十个卫所一片糜烂，完全无法有效抵御倭寇明朝政府不得已在东南沿海也推行军镇制度
所谓军镇，其兵源，一部分来自卫所兵，一部分来自招募军镇兵和卫所兵最大的区别是：卫所兵是自带干粮去打仗，而军镇兵国家是要发军饷的而且军镇的各级军官：守备、都司、游击、参将、副将、总兵等其将领是常设的
这样做，战斗力是提高了，但是国家的负担也增加了，同时，也容易形成兵为将有的局面