全国工程事务，各地城池修缮普请皆需按规定向其报请批准；
勘合司：掌管海外贸易，由秀保直接委派大名兼任。
九曹，作为秀保直属的政策执行传达机构，类似汉代丞相府中的曹属，直接听命于秀保，负责将七司的决策和建议递交给秀保进行最终决断，拥有对七司政策的指导权和建议权，多由秀保谱代家臣担任最高长官“曹掾”。虽说名义上只是秀保的私人机构，但实则成为压制和削弱七司的重要力量。主要包括以下九部分：
兵曹：又称东曹，军势征调的最终审核和报批，大名麾下军势规模摸排和督查，对接武卫司；
吏曹：又称西曹，各地代官、大名家老变动的最终审核和报批，对接布政司；
市曹：负责全国各地市井治安的维持（有专属军势），大名城下町建设的最终审核和报批，对接布政司；
刑曹：刑法政令的最终审核和报批，对接都察司；
户曹：户籍、军需的最终审核和报批，对接度支司；
税曹：税收征缴入库、政策制定的最终审核和报批，对接度支司；
奏曹：主掌与皇室、寺社对接，与“武家传奏”关系紧密，对接秉礼司；
工曹：各地工程建设、城池普请的最终审核和报批，对接营缮司；
监曹：对各地代官、大名行为的监督和记录，对行为不端、意图不轨者及时上报并采取措施，不对接所司，具体人员构成不明。
综上可知，七司制度是对之前大老奉行制度的继承，地位名义上也与之前大致相当，而九曹皆为秀保直属，虽独立于丰臣政权之外，却拥有最终的决定权。个中深意不言而喻，就是要将丰臣宗家掌握的权力进一步向大和丰臣氏转移，避免再次发生强力大名占据中央，挟天子以令诸侯的情况发生。
基于这一目的，秀保确定了首批司判和曹掾的人选：
武卫司：加藤清正；布政司：前田利政；都察司：宇喜多秀家；度支司：浅野长政；秉礼司：片桐且元；营缮司：池田辉政；勘合司：后藤基次。
兵曹：岛清兴；吏曹：藤堂高虎；市曹：那须资吉；刑曹：福岛高吉；户曹：小笠原忠请；税曹：桑山一晴；奏曹：长束正家；工曹：武田胜亲；监曹：浅井秀政。
除此之外，为更好地将中枢的政策落实到各地，同时避免七司专权瞒报，秀保还在七司之下陆续设置了赋别、安堵、官途、寺社、普请、锻钱、贡举、检使、目付、护卫、造营、宿驿等十二所，选取心腹家臣及亲近大名家中宿老重臣担任奉行，负责政策的切实执行，并将执行情况及时向七司和九曹反馈。
如此一来，取代大老奉行制的“七司九曹十二所”制度在秀保的强压下，于会津之战的第二年，即庆长六年正月正式施行。司判、曹