细川晴元陈述利害，争取出击许可。但细川晴元并没能立刻做出决断，而太原雪斋在昨夜就以协助军略唯有返还了今川家阵中，导致细川晴元也缺乏一个能替他拿主意的谋主。这样耽搁了一个上午后，直到午膳用罢，细川晴元才终于下定决心，允许南军各部派出小股部队，试探北军的虚实——
结果发现，北军的阵地早已是人去楼空。剩下的断后部队和忍者们见空城计暴露后，也是飞快地撤离了。北军的主力早已趁着夜色，退出了一线。军情随着传令兵的奔驰而传遍整个京都战场，直呼中计的南军各部纷纷出击，想要瓜分北军留下的辎重——如果运气好能追上一批辅兵队的话，说不定还能再增加不少缴获。
一马当先的，就正是驻扎在泷尾神社的织田军。织田信长根本没有通知神社内的朝仓家和浅井家，甚至在细川晴元接触免战令之前就已经从侧门绕除了泷尾神社，一路向三十三间堂狂奔而去。在发现三十三间堂无人后，又立刻翻过七条大桥，径直向北边的皇宫和二条城杀去，将其余的友军全部甩在了身后。
而这时，武田晴信反而不急了。他开始担心起北军诱敌诈败的可能性——会不会北军就是想假装退却，实则把南军引入京都北部歼灭呢？不过一口气放弃了这么多修筑多月的坚固阵地，牺牲不可谓不大。想让各怀鬼胎的联军整体执行这样困难的计划，三好长庆怕是也没有这样的本事吧？如果只是三好家自己的部队，倒是不排除反击的可能。
能够说服各家大名放弃自家安全的阵地，除了真的撤退外——三好长庆又能拿出什么理由呢？冒着部队在撤退中崩溃的危险，忍受和南军决战的巨大伤亡，就为了给他三好家博一个前程？
当然，心里这么想着，实际上武田晴信的行动还是非常谨慎的。一直到织田军的旗号出现在新善光寺后，武田晴信才率军从长福寺开始北上，打算把织田军当成自己的探路斥候。而在武田军身后，今川军也从东寺的难民棚外绕了出来，跟着武田军一起向北面的法光寺挺进。
天文十四年6月22日午时初刻，织田军又占领了平等寺。午时三刻，善长寺也被织田军拿下。午时五刻，织田信长进驻本能寺，仍然没有发现北军的伏兵——至此，武田晴信等南军大名彻底放心了，纷纷开足马力向二条城挺进——皇宫估计是抢不过织田信长了。就连远在摄津官道出的六角军和若狭武田军也已经闻讯赶来，一路追到了大泉寺外。京都的大街小巷上，随处可见北军撤离时遗留的物资。
天文十四年6月22日午时七刻，织田军占领皇宫，第一时间确保了皇室和公卿的安全。几乎是同时，织田信长自己带着一小队马廻众径