3赛季，完全体马刺在常规赛豪取60胜，这是波波维奇执教马刺以来，第一次在常规取得60胜的成绩，他本人毫无悬念的荣膺最佳主教练季后赛中，马刺一路扫荡，令西部诸强连续吃瘪西部半决赛，邓肯以一己之力打爆ok组合，让湖人四连冠的梦想化为泡影西部决赛，马刺4-2淘汰独行侠，时隔四年，再度杀入总决赛的舞台
总决赛上，面对贾森·基德和肯扬·马丁率领的篮网队，年轻的马丁以为没有了奥尼尔，他便无人可挡，然而他没有意识到，这一次的对手邓肯到底多么可怕总决赛第一场，邓肯在马丁的头上砍下32分20篮板7盖帽的恐怖数据，以一己之力撕碎篮网第六场比赛，已经拿到了赛点的邓肯，没有给篮网任何机会，他狂砍22分21篮板10助攻8盖帽的准四双数据，打到马丁怀疑人生，凭借邓肯无解的表现，马刺队4-2战胜篮网，拿到了队史第二座奥布莱恩杯，邓肯再一次夺得fmvp奖杯这一年，邓肯完成mvp、总冠军、fmvp和双一阵的大满贯成就“石佛”的名号已经响彻大江南北
那个时代，没有一个大前锋能企及邓肯，唯一能与之对抗的便是他的老对手“大鲨鱼”奥尼尔
2004年，志在卫冕的邓肯，在季后赛遭遇德里克·费舍尔秒绝杀遗憾出局，不过此时的邓肯已经不再孤单，因为gdp组合中的另外两位已经摆脱了稚气，成长为篮球世界中的一代宗师
2005年，马刺队继续补强阵容深度，球队的战绩也稳步提升，常规赛马刺豪取59胜，以西部第二的身份进入季后赛，此时的湖人王朝已经解体，西部再没有人能够阻挡邓肯
季后赛中，马刺队没有遭遇任何有效的抵抗，轻松进入总决赛的舞台，面对双华莱士组合的活塞队活塞与马刺，皆号称是联盟最强的防守之盾，这次的总决赛也堪称是21世纪以来最惨烈的一轮系列赛，马刺与活塞共同演绎了nba有史以来最强的防守大战，七场肉搏，两队总分加在一起，竟没有一场超过200分，最终靠着邓肯与吉诺比利的爆发，马刺强行啃下抢七大战，以总分4-3艰难战胜活塞队
这轮系列赛中，吉诺比利场均砍下篮板的完美数据，但fmvp的荣誉最终还是颁发给了场均篮板的邓肯毫无疑问，此时的邓肯才是马刺队的定海神针，只要有他在，马刺队方能立于不败之地
2005-2006赛季，马刺取得了近年来队史最佳的常规赛63胜，不过德克·诺维茨基（dirkitzki）的崛起让马刺遭遇滑铁卢西部半决赛，马刺与独行侠力鏖战七场，纵然马刺底牌尽出，也难挡达拉斯牛仔们狂野的衝击，最终马刺在加时赛崩盘，无