马涌围岛上炮台因为是主阵地，又是首当其冲，所以工事相对坚固，陈应元亲自督责南海、番禹两县，大量征调民夫，在马涌围的南面修筑了土木结构的炮垒又厚又高的垒墙上设有炮眼44个，架设44位红夷大炮
航道上除了打下三排木桩堵塞江面，另有一条横江铁链，铁链用木排锚泊，另有铁链上系有专门钉封来的沙船一艘，架有10门大号佛郎机炮这艘船的目的除了稳定铁链，不让其被江水冲走之外，还有防止敌人直接派火船烧毁铁链的意图――陈应元在书上看到过的所有破解横江铁链的战法，都是用火烧所以他特意做了应对
他因为听说髡贼的炮火十分厉害，射程又远，所以命令将新筑炮位全部前推，有的干脆修筑到了滩涂上，他又从武将和士兵们口中得知，髡贼经常会利用小船登陆，派兵从侧后攻打炮台，使大炮失去作用所以在各炮台外围有广泛的布置竹签、铁蒺藜和拒马，每台还增加一百名战兵，准备随时与登陆的髡贼厮杀为了防备髡贼的优势炮火对士兵的杀伤，又命令在江岸上挖掘壕沟，让士兵们用来躲避炮火，直等髡贼登陆，再一跃而起与其白刃相交
不知道为何，陈应元对官兵的白刃和近身格斗战力充满了莫名其妙的信心――髡贼既然火器厉害，近身肉搏必然是稀松平常的很搞不好一看到官兵出来白刃战就会一败涂地所以他的用兵思想是保证士兵们在髡贼的优势炮火下活着――起码要要活到髡贼冲到壕沟边再说
许廷发对陈应元很恭敬，简直是言听计从陈应元要他怎么做就怎么做征询他的意见也一律以“唯大人马首是瞻”、“大人英明”、“末将读书不多，韬略更是浅薄”之类的话语来应付
本来他一个小小的海防参将，在地位上与广东左布政也是没法相提并论的力持己见不过是自讨没趣罢了不过对陈大人的种种布置，他心中是极其不以为然的在他看来，除非用“坚石”修筑厚厚的堡垒，否则这样只不过是面对江面的一道墙的炮垒根本没有任何作用不用说髡贼的船炮射来的炮弹无坚不摧，就是髡贼的“雷击艇”抛射出来的大号万人敌一落到墙后就能把炮手们炸得人仰马翻，他们能活下命来就算不错了，还放什么炮
至于炮垒前推的做法，更是荒唐难道自己前推了，对方就不能后退么？再者炮垒前推，潮水涌来侵蚀炮台，日子久了，恐怕髡贼没来开炮，炮台自己先被冲垮
他正在观望敌情，忽然见到陈应元已经亲自率领亲兵亲将，通过架设在乌涌河上的浮桥上了马涌围看来他是准备亲临一线督战了许廷发不敢怠慢，赶紧下了瞭望塔，带着亲兵也随之上岛
陈应元身穿三品官服，头戴乌纱，身披斗篷，腰间悬着