皇帝进京的日子，定在了四月十三，所以在四月十二便有第二道诏命发下来，任命官员，底定中央人事。
这些官员之中，有原任，有新任，经此一道程序，便能够统一以新的身份迎接皇帝入城。
份属大九卿的官员任命，理论上是要经过廷臣会推的，但大家现在都还是刚摘掉如夫人牌子的南京官员，因此全凭皇帝中旨特简，无人能有异议。
史可法仍掌兵部，吕大器兵部左侍郎，进原任辽东巡抚黎玉田为兵部右侍郎。
高弘图为吏部尚书，黄道周吏部侍郎。
倪元璐户部尚书，周堪赓户部侍郎。
进顾赐畴为礼部尚书，何楷为礼部侍郎。
迁张慎言工部尚书，进御史卢世溶为工部侍郎。
刘士祯为刑部尚书，贺世寿为刑部侍郎。
韩赞周出任凤阳镇守太监，与马士英一起，总督凤阳诸军。
刘宗周为左都御史，左光先为右都御史。
李沾为太常寺卿。
解学龙为大理寺卿。
许誉卿为光禄寺卿。
姜曰广为詹事府詹事，吴伟业并以少詹事兼侍读学士。
建言科道之中，吏部给事中章正宸，户部给事中熊如林，兵部给事中陈子龙，都是深孚众望的人选。
这一番人事更张，稳中有新，仍是进取气象，大家都很满意。至于以倪元璐掌户部，则是人人都猜得到的事情，都觉得本该如此，没有什么可说的。
到了四月十三，城中的群臣分批迎驾，第一批以史可法为首，将皇帝的卤簿法驾摆在桃叶渡相候，眼见着已经清空的江面上，三只大船缓缓截江而来。
船一靠岸，五百从驾的护卫先下，跟着便见到驸马护卫着崇祯皇帝，慢慢从船上下到了码头，从城东大营调来的三千人立时山呼万岁，声闻数里之外。
崇祯上了专备的玉辂车，在数千人的簇拥下，以卤簿仪仗为引导，缓缓前行，旌盖如云，罗伞无数，前有旗纛数十执，后有金瓜节钺相护，再后还有数十骑执豹尾枪断后，单是持卤簿者便不下五百人，整个队伍长达二里许，看上去既繁华灿烂又庄重肃穆。
待到入城，由左都御史刘宗周带领的第二批大臣已在城门口迎驾，扈从着御驾一路由西向东，沿途由锦衣卫和五城兵马司下了警戒，但皇帝入城的消息，早已满城轰动，警戒线之后仍有十万计的百姓跪迎圣驾，一瞻御容