而不顾，亲死而不奔，犹自号于世曰非常人也”张居正见疏大怒，命廷杖八十
邹元标被打得皮开肉绽，远戍贵州都匀卫六年之久，直到张居正去世才被召回京城任吏科给事中回京之后，邹元标秉性不改，又上时政六事疏，批评皇上纵欲声色游宴，这下好了，把万历皇上惹怒了，加上还得罪过首辅申时行，于是又遭谪黜，其后身病母忧，归里讲学
从此，邹元标整整三十年居家讲学，未涉仕途
去年四月，邹元标重返朝廷，有感于朝内党派纷争，大臣各怀偏见的情况，向朱由校进谏“和衷”之议
邹元标在奏章中说，现在国家这个样子，都是二十年来各大臣纷争酿造成的过去不选拔人才、礼让贤能，却天天嫉贤妒能，压制人才，讨论事情的人又不能心平气和，反而专门致力于分立门户派系卑臣以为今天最要紧的，只是朝廷大臣彼此和睦而已朝廷大臣和睦了，天地之间自然就和顺了以前讨论人和事，每个人都心怀偏见，偏见导致迷乱，迷乱导致固执，固执转而自私，不再知道有别人，国家的灾祸就降临了现在跟各大臣立一个约定，讨论一个人应该公平，不要轻易下笔做结论，讨论一件事应该借鉴以前的经验，考虑它的后果，不要不加思考、轻信传闻用天下万世的良心，来衡量天下万世的人和事，则议论公平，而国家能享受安定和平的幸福
邹元标说到做到，率先垂范，不以门户分亲疏，建议起用了一大批在门户之争被罢斥的官员，对形成天启初年群贤盈朝的政治局面做出了极大的贡献
邹元标治学几十年，深得王阳明心学真谛，便想学王阳明在平叛的倥偬军旅中仍不辍讲学的榜样，打算在京城办开书院进行讲学，把自己的想法告诉了左副都御史冯从吾，冯从吾亦是饱学宿儒，亦对守仁心学颇有心得，二人一拍即合，决定在京城办一座“首善书院”，收徒讲学二人首倡，朝中许多人响应，首辅叶向高也很支持
于是，邹元标在京城租下了一个院落，刻立孔子先师木主，搜罗经史典籍，请大学士叶向高作记，请御史周宗建作总管，“首善书院”就这样红红火火地开讲了
随着“首善书院”名望的日重，自然会让一些原属“三党”的官员们犯忌朱童蒙、郭允厚、郭兴治觉得机会来了，仨人凑到一块秘密谋划，决定以邹元标、冯从吾在京城创建讲坛，恐开门户，疏请禁止为题弹劾邹元标和冯从吾，并由朱童蒙第一个弹劾，袁方在朱由校面前念的那篇奏章就是朱童蒙弹劾邹元标的奏章
这个朱童蒙的来历，袁方也是听郑鄤说的，是万历三十八年的进士，万历四十年任中书舍人，现任兵部给事中，即非东林党，也非阉党，弹