质在外，而功能于内，如心主血脉、肾主水、脾主运化、肺主气、肝主津液等，这些水、血液、食糜、气、津液等物质的代谢过程均在脏器内部完成，是“阴中含阳”的格局；命门则不同，其形质（元精）在内，而功能（元气）行于外，其元气元神均至幽至微，杳然不可见，是“阳中含阴”的格局
太极阴阳图的另一个特征是阴阳相互为用的升降运动，那么命门与五脏也应存在着阴阳相互为用的升降机理
“五脏本皆属阴”，肾水是阴中之阴，阴中之阴为太阴，所以肾应为太阴之脏太阴为至盛之阴，所以肾亦称为“至阴之脏”，而位于人体的下极
命火是阳中之阳，阳中之阳为太阳，所以命门应为太阳之脏而太阳为“至盛之阳”，所以命门应为至阳之脏，位于人体的上极才是
命门为至阳之脏而居上，肾为至阴之脏而居下，二者位于人体的两极，成上下对立升降之势以阴阳相互为用，合乎天道
命火之阳气与肾水之阴气是如何上下升降相互为用？首先得明确命门的部位，实际上《内经》的“命门者，目也”就是指命门的部位所在，即“睛明所夹之处，是为脑心，乃至命之处，故曰命门”
脑髓有间脑与大脑先后天之区分，两睛明目系所夹之处正是脑髓的中心，脑髓的中心是间脑，所以人们所指的脑心就是间脑
人类胚胎早期，脑心的侧壁外突，形成视目系，即《内经》的目睛命门与脑心在发生学上就有着渊源关系目是脑心的门户，脑心是《内经》的命门所藏纳的先天之精，是生命之根本
命门通过目系与脑心相联通，二者是生命之门与生命之室的关系，门与室是一体的，目系只是通道生命之门就是储藏生命物质的地方，生命之室（泥丸宫）就是脑心元精元神所舍藏之处
脑心就是位于脑髓中央形似泥丸的间脑，间脑主宰着五脏六腑的生理活动，体现着元神的作用，是人体最重要、最核心的生命中枢，去掉大脑皮层生命尚可存在（植物状态），去掉脑心生命不复存在
脑心是人体最至关重要的生命物质，它就是目睛命门所藏的先天之精，亦即元精
目睛命门因藏有脑心这个先天之精而具有非常重要的地位，所以《内经》指出目就是命门，是藏有脑心这个非常重要物质的生命之门
脑髓有间脑与大脑先后天之区分大脑有思有虑主宰着躯体视听言行之心理活动，属于后天识神；间脑形似泥丸位于整个脑髓的中心，称之为脑心，脑心无思无虑主宰着五脏六腑内脏的生理活动，属于先天元神
睛明所夹之处是为脑心，两睛明目系交叉像把钳子夹着脑心脑心就是目睛命门所藏的先天之精
间脑形似泥丸是整个脑髓的脑心人类胚胎早期间脑的侧