引左良玉配合清军进攻南京，如此恶劣行径，而他们嘴里多么卑劣的马士英反倒在大敌当前的时候表现的极为克制，三次制止了弘光对东林的挑衅做出反击，力主要和衷共济，不过他最后得到的报答是大规模的武力叛乱。
对于马士英和弘光皇帝朱由崧二人的克制忍让，东林的领袖、著名思想家黄宗羲却一笔抹杀：“今古为君者，昏至弘光而极；为相者，奸至马士英而极，不待明者而知之也，有何冤可理？”
这位早早的就剃了头的大明遗臣黄宗羲，他的弟子万斯同主编明史的时候，仍常常写信给黄宗羲讨论内容，直到那时他们师徒仍唯恐马士英能获得忠义之名，《明史》羞羞答答地提了一笔马士英殉国的事后，马上又长篇大论地称，有野史称马士英是投降满清了的，只是事后又私通隆武才被清廷处死。在正史里大谈野史如何如何，这也算是独一份了，而且这段野史的描述比对马士英死亡的正式记录还详细，还要绘声绘色。可是即使是如野史所说，不也正说明了马士英的降清是被迫无奈之举，和关二哥一样身在曹营心在汉？如果你们说忠义千秋的关二哥有问题是汉奸的话，那么，马士英自然有取死之道。
平心而论，马士英在弘光朝秉政时毫无作为，弘光垮台后他投奔鲁王监国和隆武帝，招来的是一片讨伐声。王思任写的“吾越乃报仇雪耻之国，非藏垢纳污之地”一语脍炙人口，就是直接针对马士英的，责令他盂水自裁。张岱以鲁藩旧臣的身分上疏鲁监国，“恳祈立斩弑君卖国第一罪臣”马士英，“疏入，监国召岱至御榻前，诏以先杀后闻。岱即带兵数百人往蹑之，士英宵遁江上，见其私人方国安，挟制鲁王，斥逐张岱。令士英统兵汛地，协守钱塘。”。
马士英在唐、鲁两政权中几乎成了过街老鼠，他并没有因此就转投清军，而是尽力以抗清的实际行动来证明自己过去的不佳形像纯属别人的诬陷之词。清军档案证明，马士英曾经多次参加渡钱塘江攻余杭、富阳以及会攻杭州之役。1646年六月浙东兵败，马士英逃入四明山削发为僧，被俘就义，实属难能可贵。
多铎和宁死不降的弘光朝礼部主事黄端伯之间的一段对话颇能反映马士英的气节。黄端伯听说赵之龙、钱谦益等人献门率众投降，在城门大书数字“大明礼部仪制司主事黄端伯不降”因而被抓捕。在审问中：多铎拍案叱喝：“你认为弘光帝是何种人物，想为他一死？”
黄端伯朗言：“皇帝圣明！”
多铎问：“马士英，又怎样呢？”
黄端伯：“马士英，忠臣也！”
多铎又可气又可笑，问：“马士英乃大奸臣，何得为忠？”
黄端伯说：“马士英不降，拥送太后入