原因是多方面的，既有二侯经营日久，占据地利，守备顽固，但这显然是次要
主要原因有二，一是见大胜之后，交趾朝廷内部又斗了起来，出现了一些扯后腿的人；二则是，经过二侯叛乱，再度引发了安南国内那些常年饱受压迫、且对汉族仇恨不满的土著下民的叛乱，祸连州县，交趾在围攻文、万二州的同时，还得将大量精力放在对各地叛乱的剿除上
此前，刘继元还专门遣使联络那些洞族、蛮部，许以重利，诱其举叛谋乱，响应的大军
但不管过程显得有多拖拉，在交趾铁了心根治顽疾的情况下，文、万二侯走向覆亡，也是迟早的事刘继初先扛不住压力，于正统二年九月，即出降郑泉，连同全族即僚属，被解往交趾问罪，念其主动投降，刘继丹只下令处死了刘继初本人，至于其家人后代，留了一命，废为庶民，赶出安南
相比之下，刘继元骨头要硬很多，面对赵从真大军的围困，死不投降，依托文单坚实的城防以及囤储多年的钱粮，与之周旋硬抗，甚至还不时发起反击，数次打破了赵从真的围攻，迫其后撤重整
如此，一直拖到正统四年春，又坚持了一年半的刘继元，终于在内外交困，无以为继的情况下，被赵从真彻底击破
由于这种冥顽不化的反抗，激怒了赵从真，也惹恼了交趾朝廷，最终刘继元全族女眷及子孙数十人，悉数被诛杀，刘继元本人的尸体，还被挫骨扬灰，意欲使此悖逆无道之徒，永世不得超生
于正统二年至四年发生在安南国内的这场叛乱，其影响是深远的，意义是重大的这是一场由宗室掀起的叛乱，也是从此之后，在南洋诸国，王室之间的争斗明显多了起来，激烈了起来，分封体制下，那些有粮有钱有兵的公侯们，也掌握着随时发动叛乱的能力
同时，这种同室操戈的局面，也逐渐血腥起来，也是以刘继元全族被诛为开端与标志虽然同根同源，甚至同种，但在百年数代之后，所谓血脉相连，也只是一种形容词了，远比不上权力、利益更动人心
可以说，“二侯叛乱”，就像打开了一个潘多拉魔盒一般，负面影响不断向周遭扩散，深刻地影响着整个南洋地区，也促进南洋封国历史向下一个阶段转变
而于安南国内而言，影响之呈现则要更加直观，弊的一面，激烈且持久的战争极大地损耗了安南的国力，打断了其向上发展的节奏，也加剧了朝廷内部的斗争与混乱
有此为鉴，自刘继丹统治结束后，安南王室以武力夺位、政变的情况，开始频繁起来，这加速了王权的旁落，世家权贵的崛起
当然还是有利之一面的，至少经此一乱，交趾朝廷完成了对西南四州广大区域的实际掌控，刘继元、刘继初二侯，在汉化开