朝被称为“巡洋会哨制度”
但是到了晚明，海禁逐渐松弛之后，巡洋会哨制度便逐渐产生了一系列弊端
明前期的沿海巡哨军原本以卫所旗军为主体，虽有召募，但仅为少数，且不成经制，多是临事而发，事罢裁汰
而正统以后，随着屯田制的破坏，以世袭军户制度为基础的卫所制也日益消耗，沿海卫所旗军亦多有逃亡
一些军官为了得到缺额的军粮，对逃亡者多敷衍塞责，有的甚至索取贿赂，放任军士离去，以致逃亡者的数量愈来愈多
类似的卫所体制衰退，在明朝各地都有发生，迫使朝廷在水师上也开始用募兵制作为补充手段
但因为明朝的经济一直处于萧条状态，朝廷也不可能长期维持大规模的募兵数量
在土地依然用于维系卫所制前提下，数额不多的粮饷是征募部队的唯一犒赏
而且由于水军兵种的特殊化，为了断绝地方上的利益纽带，朝廷又规定所招募的部队都必须到异乡服役
比如将相对内陆的山区壮丁，雇佣到沿海地区作战；又将广东沿海的海员，招募到福建去对付倭寇
在戚继光的戚家军成功的同时，各种类似维系模式的军队，成为了明朝控制沿海的中坚，但其中的绝大部分，又根本无法获得戚家军才有的待遇
譬如俞大猷平定的那场柘林水兵兵变，就是因为水兵不满于军中待遇低下，这才在接到俞大猷的北上调令后，立刻决定发起哗变
到了万历一朝，这种情况在东南沿海地区变得极为突出
沿海各省地方供给水军士兵的粮饷，原是出自两税征解麦米、渔税、商税、屯粮、盐利、课钞等地方税收
一旦地方上出现偷税漏税、虚冒支领、征解不及时等现象，水军就会被拖欠军饷
而这几种现象，在晚明又常常在沿海各省出现，因此水兵的招募和补充往往是一个难题
到了嘉靖时期，各地开始普遍采用行营哨制，也就是抽调卫所军来补充营军
卫所抽调出来的战士，在营中即为兵，如果战备结束，回到卫所，则仍然为卫所军
虽然在营哨制下，官员管理人数的减少使得其更加便于管理，同时更加便于灵活的作战，但这种制度离建设战斗力强的先进水师目标却有一定差距
“洋人都还没开这口呢，老娘娘倒先担心上了”
朱翊钧淡笑道，
“再者，募兵治军无非是正清税源和清查虚冒军丁这两项，别的还能有甚么？”
李太后见朱翊钧转移了话题，也不过是笑了笑，随即提醒道，
“我是怕皇上一动用水军，外臣们就开始提要助济军饷，接着就又是要在地方上加税”
“从前胡宗宪任浙直总督时，为了对付倭寇，就请求于常赋外加派‘提编’，在民间以银力差排编十甲，如一甲不足，则提下甲补之”
“其后，又