对日本国内信仰天主教的大名进行了限制，要求他们立刻放弃天主教信仰
而过去去九州长崎做生意的外国商人，多愿与大友宗麟合作
这不单是因为他曾一度支配了九州六国，而是由于大友宗麟已受天主教洗礼，提出了十九条政治纲要，同意依靠九州的良港地位，与佛郎机和中国的商船进行海贸往来
大友宗麟一死，日本国内的天主教传教事业顿时饱受打击
因此在万历十五年年底，范礼安和日本使团经海路到达澳门，听到丰臣秀吉已经开始迫害日本天主教会的消息，为了慎重起见，不敢马上回日本
历史上的范礼安和日本使团在澳门停留了有两年之久，直到万历十八年夏，才由澳门重抵日本长崎
但是由于丰臣秀吉不甚宽容的宗教政策，在万历十九年春，范礼安和日本使团受到丰臣秀吉的接见时，日本国内反对天主教会的人坚决地认为范礼安的使节团是假冒的，并说范礼安根本没有离开过日本，丰臣秀吉于是命令范礼安立刻返国
从此天主教在日本的地位一落千丈
“此事却是新奇”
朱翊钧故作镇定地开口道，
“朕倒想见一见这位带领倭国使团游历欧罗巴的传教士”
“倭国使团滞留我中国，朕本就应派鸿胪寺、主客司或四夷馆前去接待，如此方不失我天朝大国之威严”
朱翊钧的想法是这样的，派鸿胪寺、主客司或四夷馆去澳门，就是把接见传教士提升到了外交的高度
一旦涉及了外交，无论是李太后还是广东地方官员，都不好随意插手阻扰
何况万历十六年的丰臣秀吉还在为了完全统一日本而四处奔忙，就算是想以此为借口提前伐明，客观条件也不成熟
再者，历史上的大友宗麟之死的确是此后日本日渐闭关锁国的原因之一，但真正隔断日本与西方往来的罪魁祸首却是后来的德川幕府
丰臣秀吉对天主教徒的更进一步的大肆迫害实际开始于万历二十四年的圣菲利浦号事件之后，而在万历十六年的眼下，日本与外界的贸易往来实则并未受到严格限制
如果丰臣秀吉要伐明，那他肯定也需要一定的财政积累
所以丰臣秀吉需要日本长崎，他不是德川幕府，会趁着明朝虚弱之时颁布“锁国令”，禁止日本船只出海贸易，以此切断中国白银流入的最大渠道
与德川幕府比起来，丰臣秀吉的心态还是相当开放的
朱翊钧相当确信，倘或丰臣秀吉真正实现了他的伐明野心，他绝不会像后来的德川幕府那般闭关锁国
丰臣秀吉反倒可能更像蒙古人，对西方文明充满了居高临下的包容，要不是他死得太早，日本人民能提前幸福四百年
也不必非要美国人搀着他们绕上那么大一圈的弯路了
李太后看出皇帝是非要见一见那耶稣会的传教