帝陈顼计划讨伐北齐，命吴明彻都督征讨诸军事，与都官尚书裴忌领兵10万北击北齐，吴明彻攻秦郡。
四月，程文季率敢死队，拔掉州前水障木栅，进围秦州。北齐遣军援救历阳，为黄法氍所败，又以尉破胡、长孙洪略援救秦州。其先头部队有“苍头”、“犀角”、“大力”等许多勇士，皆身高八尺，臂力绝伦，其锋甚锐。而且这支部队还有许多西域胡人，善于射箭，箭无虚发，**尤其惧怕这些人。
待两军作战前，吴明彻对萧摩诃说：“若殪此胡，则彼军夺气，君有关、张之名，可斩颜良矣。”萧摩诃说：“愿示其形状，当为公取之”。吴明彻叫来一位投降北齐兵，让他描述胡人的模样，北齐兵说胡人穿绛色衣服，用桦皮装弓，两端有骨弭。吴明彻派人窥探，得知该胡人就在阵中。
吴明彻于是设酒席和萧摩诃对饮，萧摩诃饮毕，驰马直冲北齐军。胡挺身出阵前十余步，张满弓刚要发射，萧摩诃便遥掷铣鋧，正中其额，胡人当场毙命，北齐军“大力”十余人出战，又皆为萧摩诃所斩，北齐军大败，尉破胡逃走，长孙洪略战死。萧摩诃因功被封为明毅将军、员外散骑常侍，廉平县伯，邑五百户。不久进爵为侯，转太仆卿，其余如故。
太建七年（575年），萧摩诃随吴明彻进围宿预，击走北齐将王康德，因功除晋熙太守。
太建九年（577年）十月，陈宣帝陈顼闻北周灭北齐，即乘机争夺淮北地区，遂派吴明彻率军北伐，令其世子戎昭将军、员外散骑侍郎吴惠觉摄行州事。吴明彻军至北周吕梁，萧摩诃率7骑先入，手夺北周军大旗，北周军大溃。
萧摩诃因功被授予持节、武毅将军、谯州刺史。**进围彭城，梁士彦退兵守城，不敢出战。
太建十年（578年）二月，吴明彻利用清水灌城，绕城布列战船，加紧攻城。北周武帝宇文邕派上大将军王轨率军驰救，占据淮口，修筑长围，并以铁锁贯连车轮数百沉入清水（即泅水，在今江苏淮阴及其西北），以封锁航道，阻断陈水军退路，在清水两岸筑城。**诸将甚为惶恐，萧摩诃对吴明彻说：“闻王轨始锁下流，其两头筑城，今尚未立，公若见遣击之，彼必不敢相拒。水路未断，贼势不坚，彼城若立，则吾属且为虏矣。”但吴明彻不从，并说：“搴旗陷阵，将军事也；长算远略，老夫事也”
摩诃失色而退。周军十日之间筑城而毕，下游水路全被王轨截断。
周兵益至，诸将准备破堰撤军，用船运马而回，马主裴子烈认为：“若决堰下船，船必倾倒，岂可得乎？不如前遣马出，于事为允”。时吴明彻背疼难忍，见前遇坚城，退路被断，知道此次作战难以取胜，便听从了