兄一起光复我汉家河山”的保证之后，他回归家乡，先以排解两姓村民斗殴为名，串联展会众，再联系其他各地朋友，在永春扯旗造反不仅如此，他一反其他义军的作为，起义之初即奉天王洪秀全为其领袖，一切对外诏告均以太平天国的名义布
由于黄位、黄德美孤守厦门，不求与林万清联合坚守厦门半年后，又被迫放弃厦门，黄德美战死，黄位率部分起义部队撤到了海上这样一来，林万清的部队就受到满清更残酷的镇压在起义的同年底艰苦的德化保卫战中，黑钱会领陈湖阵亡，义军伤亡惨重
也就在这个时候，天京碾转派来的密使到了按照天京的指示，林万清放弃了闽中，率部主动撤离德化退入闽西山区，保存实力，坚持战斗撤进闽西山区的林万青部，不再象以往那样热衷于攻取府县，而是近乎偃旗息鼓地小打小闹，实实在在地做着安家立业德大事这也就是王懿德之所以向朝廷奏报，并为自己赢得赞誉德闽省匪患已无大碍之故
今年的春天，天朝东征大军围困杭州，并开始大规模扫荡浙江各地，林万清与东征军的联络日渐畅通，总部陆续派来的人员也在加强着部队的力量林部被改编成太平天国闽省自卫军，总部人员在除了帮助他整军的同时，以邹国剑为的技术人员也开始指导、组织工匠制造土炸药及各样的武器，主要以地雷和手雷为主尽管使用的是惯常的黑火药，威力也远没有天京产的大，但是对于林万清的部队来说，有这一切就足够了