食喂养俘虏，也不愿意释放以免他们重新加入奥斯曼军队，于是在雅法城外处决了三千人以上的俘虏
这虽然给拿破仑解决了眼前的难题，但是带来了一个更大的难题，那就是这次处决让巴勒斯坦地区的奥斯曼军队坚定了抵抗决心
随后3月17日，法军推进至阿卡城下，距离耶路撒冷只有一百多公里了
但此城指挥官雅扎帕夏用法军的残暴，激励城内守军拼死作战，阿卡城又相当坚固，法军缺少火炮，没能快速攻下
同时，英格兰海军少将，迪格雷三级战列舰的舰长悉尼.史密斯早已赶到，他为阿卡城提供了大量城防火炮，同时还利用战舰协助阿卡守军防守靠海一侧的薄弱环节
4月20日，围城一个月出头，法军仍然没能拿下这座小城
同时奥斯曼土耳其的军队，开始不断朝这里集结，最精锐的奥斯曼骑兵和奥斯曼哈里发训练的精锐新军，也不断从伊斯坦布尔被派来
而悉尼.史密斯又大肆传播第二次反法同盟成立的消息，并谣传埃及远征军已经被督政府放弃
现实兵力与心理战相结合，连拿破仑都开始动摇了起来，正巧这时候天气变热，法兰西远征军水土不服，军中开始闹起了传染病
4月25日，经过连日炮轰，法兰西远征军好不容易轰塌了一截阿卡的城墙
可是出现在他们眼前的不是一片混乱，而是一堵新的城墙，以及与之相适配的堡垒，原来守军在短时间内利用城内的有限建筑材料，又修了一道城墙
这一下，法兰西远征军士气跌至谷底，再也没心思展开猛烈进攻了
5月21日，与出现在野外的奥斯曼土耳其军队进行了几次野战之后，心高气傲的拿破仑也只能怪选择撤退
他们离开了阿卡，甚至连已经占领的雅法、加沙等城市也一并放弃，全部撤回了埃及
此战，一万三千人的法兰西远征军伤亡两千人左右，因传染病死伤近两千人，一共至少付出了三千人战死，一千余人受伤的惨重代价
这些损失的军人可不是什么炮灰，而是极为善战的精兵，加上远征军被抛弃传闻愈演愈烈，对士气造成了沉重的打击
至此，法兰西远征军在埃及的征服计划完全破产，基本失去了进攻的能力，开始进入防守阶段
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在欧洲本土，法军统帅让.巴蒂斯特.儒尔当在三月初，率两万五千人左右的法军，从后世德国南部和瑞士北部，自巴塞尔与凯尔之间穿过莱茵河，打开了通往瑞士内陆以及奥地利腹地的重要大门
同时，安德烈.马塞纳率领的三万法军，也进入了瑞士，并控制了苏黎世城
“我们别无选择，斐迪南，如果我们不能把法兰西赶出去，别说神圣罗马帝国，就是奥地利也岌岌可危了”面对法军的主动进攻，卡尔