拍摄到，正处于第二支部，放置S2机关的秘密研究室之中
二号机顺利回到了火山口，明日香从二号机的插入栓之中离开
她有些疑惑，本该支援她的初号机.不见了
然而她迅速就理解了这是怎么一回事，身着黑衣的持枪的士兵们上前，将她挟持，连美里也被这些人控制住了
“二号机驾驶员，惣流·明日香·兰格雷！介于你与第九使徒的密切关系，现在要对你进行调查！”
“喂！你们搞错了！加持和那个人怎么会是使徒！”美里大喊
明日香愣愣地看着这些不属于NERV的士兵展示出的证据，伊恩展开了AT力场，制造出结晶傀儡，杀死了十几个人类
“真嗣呢！”明日香大声问
“初号机驾驶员，碇真嗣，现在已经去执行任务！”赤木律子面色复杂地说：“没想到那个人会是原因，而且还在这么短的时间内，就摸到了S2机关的位置”
“加持良治，那个人的间谍能力，真的是太让人意外了”
“律子.”美里困惑地看着赤木律子：“什么意思！律子！你到底都知道些什么！”
“抱歉了，美里”律子叹气：“安心吧，只要真嗣能把那两个人处理掉，你们就会被放出来的”