战时军政合一的中书省军权开始转移到大都督府，中书省任职的军事将领亦逐渐转入大都督府
洪武十三年，胡惟庸案发，中书省被废除，大都督府改为五军都督府，军权分立，统兵权归都督府，调兵权归兵部
建立大都督府的最主要目的，是太祖朱八八要通过这种改制，来达到对军权更为有效的控制
因为，在当时的集团内部，邵荣等具有一定离心力的领军将领，让朱八八十分地不放心
新建大都督府的职能包括军队的训练、军屯、驻防、调动作战，以及武官的升授、袭替、赏罚
军队驻防则暂分为川东、三峡、兴山三个军区，分别由刘体纯、袁宗第、李来亨直接负责，副手分别是党守素、马腾云、郝摇旗
塔天宝和王戎旗所部驻屯万县、云阳，卫护重庆，并是三峡军区的西翼屏障
“荆国公若能率军前来，便请他驻屯于綦江，以为重庆东侧屏翼”黄立沉吟了一下，好象没什么把握，又补充道：“或者征求他的意见，看他欲驻何地？”
黄立现在对云贵的吴三桂很是警惕，但最担心的还是甘陕和湖广的清军
如果吴三桂出兵进攻，一条路基本可以确定，那就是贵阳、遵义、桐梓、綦江，逼近重庆
至于从云南入川，如同白地的川南，将给后勤运输带来极大的压力，吴三桂多半不会从此进军
刘体纯沉吟了一下，说道：“綦江虽为重庆东面屏障，但少险可守殿下若是担心贵州清军进犯，末将以为可前出至桐梓，三坡、红关、石台关皆是险要之地”
黄立苦笑了一下，说道：“进军桐梓太过深入了，兵力少了难以坚守，兵力多，运输粮草物资又极困难以目前我军的兵力，收缩防御还是不可避免”
停顿了一下，他又补充道：“幸好有长江阻隔，只要水师够强大，就能阻遏清军而且，拉长清军补给线，也利于我军反击”
刘体纯点了点头，微笑道：“殿下要诱敌深入，发挥内线优势，歼灭来犯清军？”
黄立无奈地笑了笑，说道：“倒是有这样的想法，可也是形势所逼，兵力不敢太过分散”
巫山一战，李国英所率领的永宁、遵义、重夔、建昌等镇清军大部被歼灭，导致四川各地的防守都形同虚设，从表面上看，确实是个很好的机会
如果兵力充足，谁不想多占些地盘，打出足够大的缓冲空间可现实很骨感，理想哪还敢丰满？
况且，清军要从贵州入川，同样面临后勤的困难，也不是那么地容易
黄立还记得，吴三桂虽然占据了云贵两省，但却并未完全安定
康熙三年贵州有水西安坤反叛，康熙四年又有云南迤东土司王耀祖等的叛乱，五年还有也就是说，吴三桂在明年后年应该是腾不出手来的
所以，黄立虽然充满警惕，却也是以防