保留内河舰队，总司令部曾有过一番争论。有人认为，革命军已经尽占珠江流域，没必要保留内河船只，可以把节省下来的经费留给南洋舰队。
杨烜力排众议，力主保留内河舰队。南中国水网密布，小型内河船只可以通过湘桂交界处的灵渠，从广西进入湖南。
有战船相助，陆军可以更好地北进中原。届时，一支灵活机动的内河舰队是非常有必要的。
保留内河舰队遂成定议。
内河舰队基本继承海军第三师的人员、装备。第三师原本任务是水上运输，装备很一般，以传统帆船为主。
（三）海军陆战队。
海军陆战队主要执行两栖突击作战任务，可利用船只快速机动至预定作战地域，单独或支持陆军作战。
海军陆战队人员装备主要继承第二师。第二师主登陆作战，曾屡次深入敌后，出奇制胜，令敌人闻风丧胆。
因为功勋卓著，作用突出，有人建议将海军陆战队从海军中独立出来，单独成立一个军种。
经过反复论证，杨烜还是否决了这个提议。海军陆战队对海军依赖性强，必须与海军紧密配合，得到海军战舰、运输船的支持，方能发挥出最大作用。
若把海军陆战队独立出来，就得为其增配战船、运输船，这将增大本就紧张的财政负担。以革命军现有的协同能力，把海军陆战队独立出来，不如让她继续隶属于海军。