远征的国力支持，只得收缩防线，残元军队便立即向南步步紧逼。明军从此进入了一个颇为短站的被动防御时期，由于东胜卫孤悬河外，缺少大军策应，粮草不足以自给自足，为保存实力，所以洪武五年七月，明军主动放弃东胜卫，原有人口和士卒前往易守难攻的大同。东胜卫的废置，是明朝北疆防线收缩的重要标志。
东胜卫内迁不久，残元军队立即渡河入河套，对陕北地区进行严重的威胁；陕北一失，中原各地将是驰骋的战场和蒙古复兴的希望。但由于残元内部存在矛盾，本身实力也不足，因而双方只是僵持着。直到洪武二十年，局势出现转机。同明军对峙二十余年的北元辽东地区的核心战将，纳哈出投降，明朝终于有放手一搏的机会，对北疆和西北边疆的用兵再无后顾之忧。三个月后，蓝玉为征虏大将军，奉命率军北伐，连战连胜，北元政权遭到前所未有的打击。洪武五年被迫放弃的军事据点，一个一个重新建立起，用以巩固北部边疆的国防力量。东胜卫自然也在恢复的计划内，经过认真规划和筹备，洪武二十六年二月，东胜卫筑城置兵屯守复置，较之以前更加完善和强悍，将其纳入大同防线。
靖难战争登上皇位的燕王朱棣，便是从南京迁都到北京，东胜卫在此次巨变中，被迁往腹里地区，东胜卫内撤有隐患吗？有，而且很大。但由于当时北元内部不团结，朱棣又多次主动出击，因而东胜卫迁徙并未造成很大的影响，因为残元已经自顾不暇、没有力量对河套地区产生威胁。明朝因残元覆灭，对河套平原的影响力今非昔比，不用把控原来东胜地区也能够对河套地区进行强力统治。
当时宁夏总兵何福忧心日后有游牧民族强大抢夺河套，便上书朝廷恢复东胜卫地区的卫所，最好将原有的东胜卫调回，以加强河套地区的统治。朱棣直接否定，致使东胜卫再没复置回去。
东胜地区明朝不要，立即被蒙古部落占据，在此建造城池，名妥妥城。东胜地区失去东胜卫的坏处和弊端立马显露出来，蒙古铁骑直接从东胜卫故地长驱直入侵扰河套和明朝边疆。永乐朝后，河套地区边疆危机更甚。大臣们发出的复置东胜卫之声此起彼伏，但最终还是没有执行，终明一朝，东胜卫没有再恢复。此后引发一系列的祸事，乃至明朝最终被后金女真灭亡，都与迁出东胜卫不再复置有关。
可见东胜卫的重要性，在章子俊看来，东胜卫在明军中的归属为大同，就是一个错误，应该单独建立一个防御区，哪怕是孤城也不能放弃，现在好了，东胜卫距离大同很远，距离榆林很近，可以从神木沿乌兰木伦河修建铁路到达东胜卫，加上东胜城西滨黄河，东接大同