位后，因大开言路，任用品行高洁的徐溥、刘健等人进入内阁，罢免了万安、尹直等人后，前朝阁臣只留下了刘吉，而内阁最讲究的就是按资排辈，早一天入阁便是前辈，所以刘吉一直稳居内阁首辅之位，而且善于见风使舵，眼见新帝朱祐樘是个想办点事的主，便总在徐溥、刘健上书的奏章后面署上自己的名字，窃取名声，沽名钓誉久之后就跟徐溥、刘健闹上了矛盾，
因为刘吉也曾在朱祐樘还是太子时，提督翰林院官员为朱祐樘讲读，朱祐樘即位后刘吉就升为少傅，兼太子太师、吏部尚书，等到负责修纂的《宪宗实录》书成，又晋升为少师，刘吉虽然久居高位，权势显赫，本人却毫无作为，尽管朱祐樘不喜“刘棉花”,但刘吉多智数，善附会，自缘饰，锐于营私，时为言路所攻居内阁十八年，人目之为“刘棉花”，以其耐弹也但从成祖朱棣设立内阁起，历来就最讲究论资排辈，所以刘吉担任首辅显得顺理成章然而刘吉留恋权势，始终没有辞官的意思
先说弘治后的第一弹，庶吉士邹智与御史姜洪的联名弹劾结果万安和尹直被罢免，刘吉却因祸得福，不仅毫发未损，反而被任命为内阁首辅，成为明孝宗最宠信的重臣
刘吉一看苗头不对啊，于是暂时藏起狐狸尾巴，一本正经处理政务老奸巨猾，唯恐遭责，从不直抒己见每次会议，都先请徐溥和刘健提出建议，待仔细掂量确定建议合理后，才签名上报于是，新内阁勤政高效的美名传遍朝野，刘吉也俨然以一贯正确自居
第二弹，为避免科道官这些棉花匠反复来弹，刘吉有意拉拢示好纪监部门他多次建议朝廷给予各级科道官超常待遇，尤其应该对有才干的各级科道官不拘等级授予重要职位不料，科道官们是“老虎拉磨----不吃这一套”，该升迁升迁，该弹劾弹劾左庶子张升弹劾刘吉纳贿、纵子等十大罪状，御史曹璘以“近日星陨地震，金木二星昼现，雷击禁门，皇陵雨雹，南京内园灾”为由，奏请“罢斥大学士刘吉等，以消天变”御史欧阳旦、南京给事中方向、御史陈嵩等“相继劾吉”
刘吉恼羞成怒，先指使心腹言官反诬张升诋毁大臣，将其外贬继而新老旧账一起算，“数兴大狱”，将弹劾过他的邹智和方向抓捕囚禁，远贬外地把姜洪贬官后，又与宦官里应外合，将南御史姜绾等人逐出朝廷这场大清洗使得台署空闲，弹劾者不寒而栗，朝廷内外官员见到他，唯有低眉顺目，没有人敢正视他