企图恢复井田制的主张，认为井田之法令不可行王怨于儒家经典及传注，每有新解认为《论语·子罕》篇颜渊唱然叹曰：“仰之弥高，钻之弥坚，瞻之在前，忽焉在后”，系颜渊“言己不定见，非圣道之有高坚前后也”谓朱熹《四书集注》以为系颜渊深知孔子之道无穷尽、无方体而叹之为“非是”认为《春秋》系孔子根据左丘明所作鲁史而撰写，非左丘明据孔子所修《春秋》而作传
关于心性问题，王恕认为，性乃天之所命，人之所受，性即天理之流行，因而性是善的，顺理而善者为性之本，不顺理而恶者非性之本他不同意“已然之迹便是性”的说法，认为已然之迹已经有善有恶，故不能称为性王氏言性，似乎排除了“气质之性”，而将其归结为纯善的天理之性王恕认为性之理“甚微”，故当“尽心而穷究之”“尽心”在“知性”之前，为“知性”的途径，所以他提出朱熹《四书集注》称“知性乃能尽心”为“不无颠倒”
还成立三原学派，三原学派大抵推之事为之际，重在自得，不尚空谈，并注重气节王恕认为，古之学者皆以言行为学，故无求饱求安者，志在敏事慎言；就有道而正之，正其所言、所行之是非，是者行之，非者改之将学与行紧密结合为一体
正因为有了这样一套理论，在做事上也就不折不扣地去做，王敬显然是活不成了，只能飞速回京去了，当时正碰上宦官尚铭也揭发王敬的罪状，还没等宪宗对王敬做出反应，就收到了南京王恕的奏疏，说是王敬等人在江南激起了民愤，船行至江河中时，被盗贼火铳流弹击中而亡宪宗于是下旨将王敬其党徒十九人戍边充军，又把其首级送到南京
王恕跟章子俊经过一场生死合作后，两人心照不宣成为“莫逆”，章子俊还把榆林军士穿戴所需的衣着，全包给了王恕孙子王安道，专门采购边军布料生意，后又给其族家侄儿王开寿经营起了平安镇高度酒、各种玻璃器皿及香水、花露水的生意
朱祐樘即位后，才采纳廷臣的举荐，召王恕入朝任吏部尚书，不久加职太子太保先前，朝内外弹劾内阁大学士刘吉的官员，必定举荐王恕，刘吉因此大为怨恨王恕凡是王恕所推举的，他必定暗中阻挠就这样章子俊无形中成为了刘吉的对头，被架在火架子上烤了起来，让章子俊离开平安镇去往云广之地，章子俊很明白处境，明面上是升任南京户部尚书，却是让自己牧守云桂，在明朝都知道那可是烟瘴之地，还有二个无法无天的土皇帝岷王及广西靖江王，一般被派去的官员都是因为犯事后“充军”去的这才有章子俊接旨而不允的事，现在王恕明白了章子俊的用意，皇上朱祐樘也明白了这些弯弯绕后，这