根本不够几十万大军的供给，因此明朝还得既出人又出物，需要从明朝运输粮饷。
但当时明朝正在走下坡路，根本没有多余的粮食，所以只好增加盐引、关税来筹集军饷。对此，有学者计算，关于明朝在朝鲜战场上的支出、武器装备费用与交通运输费用等，大约有两千万两以上。巨额的粮饷导致明朝三大国库太仓库、太仆寺库和京通仓储的空虚。
对于这样庞大的军费支出，明廷内部痛心疾首：“太仓入不当出，计二年后，六军万姓将待新漕举炊，倘输纳愆期，不复有京师矣”。
事实上，他的担忧并无道理，因为军费庞大，为了弥补国库空虚，朝廷只好增加税收，“其后接踵三大征，颇有加派”，致使人民负担沉重，百姓怨声载道，而这也为明朝的灭亡埋下了伏笔。
其二，援朝战争导致明廷内部矛盾加剧，党争激烈。先是以李如松为首的武将与以宋应昌为首的文臣，在战争中因政见不同而产生矛盾，在战后又因论功行赏产生摩擦，双方各自为自己的阵营谋划利益。
在此次支援朝鲜的明军中，分为北兵和南兵，北兵善骑射，但他们攻城却很受限，而南兵多炮手，攻城时发挥了巨大的作用。但在论功行赏时，却使北兵居上，从而引起了南兵的不满。史载“南北军不和，军中流言传布”。
此外，东征将领频繁更替，经略由宋应昌替换为邢玠，提督由李如松换为麻贵，兵部尚书由石星变更为李祯……如此一来，朝廷矛盾重重，加剧了政局的不稳定性。
万历二十一年，当战争进入和谈期时，明朝内部却围绕是战是和争论不休。不久后战事再起，沈惟敬、石星等人受到弹劾；
二十五年，赞画主事丁应泰弹劾杨镐“贪滑丧师，酿乱权奸，结党欺君”等一系列罪名，随后，麻贵又弹劾杨镐与其副将李如梅私通倭寇，“媚倭将清正，与之讲和”。自后，杨镐被罢官。
这一系列的弹劾，反映了明朝内部林林总总的矛盾：党派之争、主战派与主和派之间的斗争、文臣和武将的斗争、南兵与北兵的斗争等等，更加加剧了朝局的不稳定性，也进一步削弱了明朝的实力，为后来努尔哈赤的壮大提供了可乘之机。
最后一点，也是最重要的一点，就是援朝战争导致明朝辽东地区军事力量的削弱，这是导致努尔哈赤崛起的一个重要因素。
辽东地区因为地理上最接近朝鲜，成为了最先派出兵力开往朝鲜救援的军队。但是，自开战以来至万历二十八年，辽东地区的九万五千士兵，能参战的仅有四万左右——这就是所谓李成梁嫡系原历史中曹簠没被人救出来，曹家军实际消散。
此外，除了辽东地区外，明朝还从全国各地陆续调兵前往朝鲜，先后投入