没有裁撤，而迁都完成之后南京衙门就没用了，所以永乐后期南京的六部前面全部加上“南京”二字，这样也就形成了明朝独具特色的南京六部
南京的六部相比北京的六部，其实看上去也没差太多根据大明朝廷的制度，六部各设有尚书一人、左右侍郎各一人，都察院设有左右都御使、左右副都御史、左右全都御史，下辖十三道监察御史一百一十人
这些机构南京也是有的，但与北京六部仍有区别：南京的六部是没有左侍郎的，吏部的衙门也没有员外郎，南京都察院也没有左都御史
南京六部平时基本上没有什么事，比如南京刑部只能管理南京的案件，别的地方的案件无权审理；南京的吏部也是只能考核南京地区的官员大部分的南京衙门都是养老的圣地，大家从北京退休就到南京享受待遇，不亦快哉
但是这并不代表南京的衙门就不重要了，作为巩固大明帝国陪都的系统，南京六部在关键时刻还是能发挥作用的，至少直接就能接管半壁江山，可见平时大家都认可“南京管理南方”这一思路不过平时南京的最高行政机构却不是南京的六部，而是南京的“守备会议”
南京平时是设立一个守备的，作为替天子看守南京的存在，南京守备大部分都是王公大臣，其中绝大多数时候由魏国公出任而由守备、参赞、内守备等官组成的守备厅会议，则是南京最高权力所在
这个组成有一定的制度性，其中南京参赞机务是南京兵部尚书兼任的，所以南京兵部尚书也是南京六部里面作为特殊的存在，它确实是有实权的，而且实权很大，所谓：“故其职视五部为特重云”
北京六部里面吏部尚书被称为“天官”，可以掌握四品以下官员的升迁任免，对于更高级官员的任免、调整，天官也有极强的建议权但是南京六部里面则以南京兵部最强，可以掌握南京地区所有的军队训练和守备军费，也就是说南京兵部尚书在关键时刻可以调动军队支援北京
不过南京的六部毕竟是陪都的六部，实际上无论干什么都得被北京六部牵制比如说南京的礼部想要举行祭祀活动就得先请示北京礼部；南京吏部的官员选拔被北京吏部掌握；南京户部的财政虽然自己去收，但收完之后得上交给北京户部……诸如此类
所以实际上也有不少南京官员感觉很憋屈，毕竟虽然名字差不多，官员地位按理说也一样，但是实际上北京官员是正妻，南京官员只能算妾侍
申时行的看法是，高务实可能会利用南察掌控南京六部实际管理各项事务的郎中、主事们——与北京六部一样，尚书、侍郎不可能亲自管理到具体细节，细节事务的管理权都在各部各司郎中和主事的手上
郎中正五品，主事正六