，即将致仕，王直又与杨士奇有同乡之谊，成为正式阁臣本来是水到渠成之事。
但是意外发生了，王直此时与杨士奇发生了嫌隙，杨士奇之子杨稷“居家暴橫，乡民甚苦之”，王直曾就此提醒杨士奇，不料杨士奇却被其子蒙骗，认为“抑庵(王直)忌其功名，妄为此语”，由此嫉恨王直，随即将其排挤出内阁。
王直出阁后担任礼部侍郎，随后于正统八年(1443)升迁为吏部尚书，并一直任职到天顺元年(1458)。任职期间，杨士奇于正统九年(1444)病逝，而内阁马愉、曹鼐、陈循、苗衷、高谷等人的地位和威望均无法与其并列，且自景泰二年(1451)开始，由于王直年老体衰，先后任命何文渊、王翱为吏部尚书辅佐管理部事。
可以说，王直入阁的所有阻碍已经基本清除。但实际情况是，王直此时仍旧担任吏部尚书之职，与宣德时期的吏部尚书蹇义、户部尚书夏元吉解部事以备顾问大体相同，也就是说，此时的官员若先升尚书，则无入阁之机会——因为此时的内阁，整体上来说还是“秘书”这个属性更重。
王直晚年对此也曾感叹道:“西杨不欲予同事内阁，出予理部事，当是时不能无憾。”结合王直的仕宦经历，这种遗憾在针对杨士奇的同时，显然也与当时的政体阻断其回归内阁之路不无关系。
此外，内阁在正统时期获得的“票拟”之权，与六部尚书的行政权也具有很强的制衡性，对此解释最为精辟的要属高拱。
高拱在《三乞天恩辞免兼任疏》中提到：“我国家之事，皆属部臣题行，阁臣拟票。或未当，则为之驳正;或未妥，则为之调停。不嫌异同，务在参伍。所以事多得其理，而人不敢为奸，是阁之与部不容混而一也……
春芳既解任去，而臣又忝居二辅之先，若仍领铨务，则自所题行，自所拟票，驳正调停终为未便，是谓以水济水，谁能食之……
今内阁平章重事，吏部进退百官，皆权所在也。臣既忝阁臣之先，而仍总吏曹之职，则操权不亦太重乎?权太重，非惟臣难以居，而国体亦非所宜。”
这是高拱第三封请辞兼任吏部尚书的奏疏，其中非常明确地指出中枢权力结构中内阁与六部职权是相辅相成、相互制约的，这也是朝廷在废除丞相制度后，精心设计的外廷运行和制约机制，如若两者归于一处，则操权太重，严重威胁皇权的稳固和国体的稳定。
当然，这里也有点特殊，即吏部尚书到底与其他尚书有别，高务实如今这个户部尚书到底不如吏部尚书那么敏感。
“万事开头难”，高拱以首辅兼任吏部尚书之后，无论是阁老身兼尚书，或以尚书位进阁老，都变得常态化了。
换言之，内阁与