居正把于慎行叫到跟前责问说：“我对你不薄，你何以如此报我？”
结果于慎行回答：“正因为您对我不薄，学生才不得不如此，夺情有违祖制、不合规矩，您是百官之首，当为天下楷模”但显然尝到权力滋味的张居正听不进去
后来张居正死后遭清算，万历下令抄家于慎行在这种情况下，却又不避嫌怨，写信给主持此事的丘瞬，请他照顾张居正八十多岁的老母和不成年的幼子丘瞬思来想去，最终还是听了这句劝，给张母保留了住宅和足够赡养晚年的土地于慎行因此受到朝中一片赞誉
高务实此前自己思索徐阶与高拱之争的时候，采信的不少史料就出自于慎行的《谷山笔尘》，原因无他：高务实相信于慎行的人品操守远胜于王世贞
当然于慎行的操守之所以获得高务实的信任，并不仅仅因为这两件事，毕竟这两件事都有可能是故意为之，目的就是为了获得清誉——高务实自己所为的养望，其实也同这些事情很有些相似之处
他真正欣赏甚至佩服于慎行操守的事，是国本之争中于慎行的表现：此时，万历的长子朱常洛已经九岁，是妃子所出——但这个妃子原本不过一名宫女，万历当时也只是临时起兴，谁知就珠胎暗结实际上万历不喜欢此妃和她这个儿子，他想立的是郑妃所生的皇次子
但是在大明，名分是极其重要的，“有嫡立嫡，无嫡立长”早已深入人心，万历自己也是这种思想的受益者皇后无子则无嫡出，但立长又轮不到郑贵妃所生的皇次子，万历不好把这一想法明说，故而迟迟不立太子
满朝文武见皇长子日渐长大，不能正位进学，当然非常着急于是自万历十七年起，不断有人提出立储问题，请万历早建东宫
于慎行身为礼部尚书，对此事当然义不容辞他连疏极谏，言辞颇为激烈，万历非常生气，再三降下严旨，贵备于慎行“以东宫要挟皇上”
于慎行回答说:“册立之事，是臣部职掌，我如果不说，是为失职请皇上速决大计，我宁可弃官归里”态度极其强硬，丝毫不肯妥协，因为在于慎行看来，原则就是原则，原则问题不容谈判
万历当然更不高兴了，大骂于慎行“疑上”、“淆乱国本”，把礼部大小官员都停了傣禄偏巧正在此时，发生了山东乡试泄题事件，于慎行身为礼部尚书，虽然是科考的主要领导，但说起来只是有一定的领导责任，可于慎行仍然毫不犹豫地引咎辞职
万历十九年九月，于慎行的辞职获万历批准，于慎行遂归隐故乡他家居十余年，朝野上下多次荐他出山，万历皆不同意直到万历三十五年，东宫已立、国本已定，廷推内阁大臣时，于慎行名列七位候选人之首万历见势不可违，才命他以原官加太子少保