地方，他的任务已经完成了差不多，正准备回京，却发生了这样的惨剧，所以朝廷又命令他为江南督师，总督江南军马屯田粮响事，调集一切的物资和钱粮，全力以赴进攻山东，夺回运河。
吴宗达他本来就是内阁的次辅，也都是顶级的官员，在地方的威信也高，这一次在地方进行抚慰，也算是认识了不少的人，他马上就开始在江南十三个府调集兵力，准备派兵北上。
朝廷除了任命他为江南的督师以外，还任命了另外一位能人熊文灿作为五省的总督，率领几个省的兵马，准备北上进攻贼军。
当然大明朝的军队部署在了北方，主要精锐的部队，也都布署在九边，江南也都有一些军队，但是这些军队都算是战斗力比较差的了，而且即使是他们的战斗力比较的差，还是有大量的军队被调去了西南平定奢安之乱，同时也调集了不少的精兵作为客兵，去归洪承畴调遣，用于围剿流寇，可以说兵力极其的空虚。
江南只能算是大明的赋税重地，现在兵力又如此的空虚，要让他们调集重兵北上，这是十分为难的事情。
而且这一次刘家的叛乱，也都令那一位朝廷重臣朱大典十分的尴尬。
按道理来说，朝廷要夺回运河，反攻山东，首先就应该派他这一位漕运总督、凤阳巡抚他的凤阳兵和漕兵进行反击。
但是因为他跟刘家之间实在是太密切了，朝廷怀疑他会通敌或者说是首鼠两端，所以没有把平叛的任务交给了他，而是交给了吴宗达，虽有虽然没有免去他漕运总督的职务，却把他的军权都给接管了过去，改归吴宗达管辖，这就令朱大典本来还有一些手下，然后这些手下被抽走，人手就更加的空虚，更加的少了。
也不知道朝廷是过于的保守，还是过于的小心谨慎，他们没有派遣熟悉山东、熟悉运河的朱大典统兵去平叛，却派出了对这里根本都不熟一窍不通的吴宗达，统帅各路大军进行反攻山东。
吴宗达他做过国子监的祭酒，桃李遍天下，道德文章十分的出彩，在士林之中也都拥有很大的清誉，广为人知，但是他还真没有在地方做过巡抚，也都没有过统兵平乱的经验。
他在接到朝廷的圣旨以后，没有丝毫的怠慢，马上写下洋洋洒洒万字的《讨刘贼檄》，其文釆、气势不在骆宾王的《代李敬业传檄天下文》，之下，其事昭、理辨、气盛、辞断在情在理，令人热血沸腾，见檄恨不仗剑奋起，共诛国贼。
因此檄文采飞扬，广为盛传，临清刘改称为刘贼。
吴宗达又凭着圣旨接管了朱大典的军权，接管了他凤阳巡抚、漕运总督的职务，命令他把手下的士兵都交给了吴宗达管辖。
朱大典担任凤阳巡抚、漕运总督，管的是大明最为富裕的地方，手