不仅如此，吕不韦还有大量的门生故吏在咸阳为官，他对咸阳的动态也了如指掌，仍然有很多人都跑来向他求官，他也总会热情的指点
这一切当然都逃不过秦王的眼睛，在秦王看来，吕不韦已经成为秦国的一大威胁，一旦他东去六国为相，那秦国的很多机密将不再是秘密秦王自始至终都在派人暗中观察吕不韦和他的门客，如今的情形让秦王更加担忧，无论是吕不韦去六国为相还是谋反，都对秦国极为不利
此时李斯也得到了吕不韦在洛阳受到六国邀请的消息，便拜见秦王道：“吕不韦居住洛阳，与六国相邻，一旦有变我们将无法应变”李斯是指吕不韦可能会与六国合伙谋秦
秦王亦是万分担忧，道：“以卿之见，当如何处置？”
“不若迁至蜀地，以绝诸侯之念！”
秦王认为可行，便赐给吕不韦一封信，信中写道：“你对秦国有什么功劳？秦国把你封在河南，食邑十万户；你跟秦国有什么亲戚？竟然被称为仲父！不觉得羞耻吗？你还是跟家人一起迁到蜀地去吧！”
吕不韦接到诏书，万念俱灰，他现在才明白秦王对自己的恐惧和愤怒已经到了如此地步，甚至超过了刚被处死的嫪毐，他害怕迁到蜀地后会进一步遭到贬黜，最后像嫪毐一样被诛三族，他思索良久，决定自杀，以求保全家人当晚他便喝下酖酒自杀而死
由于吕不韦是自杀而死，因此无法举行国葬，他的门客便收敛了他的遗体，私自组织吊丧，并为吕不韦举行了埋葬仪式
吕不韦自杀的消息传到咸阳，秦王总算松了一口气，但是他仍然担心吕不韦的门客会为吕不韦鸣不平，引发叛乱，因此凡是吕不韦的门客不论参加吊丧与否一律流放如果是韩、赵、魏三国的人，一律驱逐出境；如果是秦国人，俸禄在六百石以上的削去爵位，流放到房陵；俸禄在五百石以下，没有参加吊丧的，也流放到房陵，但不剥夺爵位
同时发布命令，“有再敢擅权之人，嫪毐、吕不韦就是他们的先例！”
处理完吕不韦的门客，秦王觉得嫪毐的威胁已经没有了，国家又是用人之际，便赦免了迁徙到蜀地的嫪毐门客，让他们都回到了京城
吕不韦从一个商人通过运作终成天下第一强国的相国，在位十三年，可谓少有的精明之人但是他功成名就后却不知道收敛，最终善始而难善终！
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